Giếng Ngọc nằm ở chân núi Côn Sơn (núi Kỳ Lân) trên đường lên Bàn Cờ Tiên. Theo thuyết phong thủy, giếng Ngọc là huyệt mạch của núi Côn Sơn, nơi tụ linh, tụ khí và là mắt của con Kỳ Lân.

Theo thuyết phong thuỷ, Giếng Ngọc là huyệt mạch có ý nghĩa quan trọng về tâm linh của khu di tích Côn Sơn. Đây là tụ mạch của nước nguồn từ núi Kỳ Lân.

Truyền thuyết kể rằng: Đầu thế kỷ XIII, trụ trì chùa Côn Sơn là Huyền Quang tôn giả – vị tổ thứ 3 của thiền phái Trúc Lâm thời Trần. Sau khi xây dựng chùa Côn Sơn với nhiều công trình kiến trúc quy mô, hoành tráng và hàng trăm pho tượng Phật nguy nga lộng lẫy… Nhưng sư tổ vẫn trăn trở vì chùa còn thiếu nguồn nước thanh tịnh cho việc cúng lễ và mộc dục tượng pháp. Một đêm rằm tháng 7, Tổ Huyền Quang mơ thấy một tiên ông râu tóc bạc phơ, tay chống gậy trúc, tự xưng là “Chủ thần long mạch núi Côn Sơn”. Tiên Ông dẫn Sư Tổ về sau chùa, chỉ cho viên ngọc sáng lấp lánh dưới lùm cây. Tổ Huyền Quang định với tay nhặt viên ngọc thì tiếng chuông chùa vang lên làm Ông tỉnh giấc. Trời sáng, nhà sư kể lại giấc mơ lạ cho các tăng ni nghe rồi cùng lên núi xem chỗ có viên ngọc. Khi phát quang bụi rậm thấy hiện ra mạch nước trong vắt. Nếm thử thấy nước ngọt, mát, ngưới khoan khoái lạ thường. Tổ Huyền Quang cho khơi sâu, mở rộng, dùng đá kè thành giếng và đặt tên là Giếng Ngọc.

Đông đảo du khách trảy hội mùa Xuân xin lấy nước giếng Ngọc để uống và rửa mắt để cầu mong sức khỏe, an lành trong năm mới

Hơn 700 năm qua, giếng Ngọc luôn đầy nước và là nguồn nước quý của chùa Côn Sơn. Nước giếng Ngọc được dùng làm nước cúng hàng ngày và đại lễ: lễ Phật đản, rước nước, mộc dục….Nguồn nước này còn được các nhà khoa học đánh giá là nguồn nước sạch, đạt tiêu chuẩn nước khoáng thiên nhiên. Nước giếng được tin rằng nếu uống hoặc dùng để rửa mặt sẽ được mạnh khỏe, an lành. Bởi vậy, mỗi khi đến Côn Sơn, du khách đều dừng lại bên giếng để xin nước để được tẩy bụi trần. 

Để bảo vệ nguồn nước quý của di tích và xây dựng nơi đây thành điểm nhấn mang giá trị tâm linh đặc biệt. Thủ tướng Chính phủ đã cho tôn tạo một số hạng mục của di tích chùa Côn Sơn, trong đó có giếng Ngọc. Giếng Ngọc bên cạnh lầu thờ Đức Phật Quan Thế Âm Bồ Tát, Đăng Minh Bảo Tháp sẽ tạo thành những điểm nhấn tâm linh của di tích quốc gia đặc biệt.